与此同时，陆军、空军中一些亲苏加诺的中下层军官，对传闻一些高级将领准备发动政变表示强烈不满和反对。他们积极活动，准备先发制人。9月，总统警卫第3营营长翁东中校，雅加达守备区第1旅旅长拉蒂夫上校，哈林姆空军3基地守备部队司令苏约诺少校等多次集会，研讨行动计划。9月19日，会议决定由翁东负责整个军事行动。9月29日，会议通过代号为“达卡里”的行动计划。参加行动的总兵力约为1个师。9月30日在哈林姆空军基地召开了军事行动主要负责人会议，决定行动时间为10月1日凌晨4时。
9月30日夜晚，参加“达卡里计划”的军队开始行动。10月l日凌晨3时，他们分别包围7名将领的住宅。在士兵进入纳苏蒂安将军住宅的院内时，纳苏蒂安闻声而逃，越墙跳入相邻的伊拉克驻印尼使馆院内，后来被他的部下救出，可是他的女儿被枪击身亡。陆军总部将领班查伊丹和哈尔约诺两人当场被击毙。雅尼、苏普拉普托、巴尔曼和苏托约被捕，后被带往雅加达郊区名为鳄鱼洞的地方处决。参加这一行动的其他分队，分别占领了雅加达广播电台、独立广场和电讯局。