天一阁之所以保存近五百年,得益于管理人员极其专业的书籍收集和保管方法。中国古代房屋基本以木材为建筑材料,许多藏书楼都因失火被毁,而天一阁从建造开始就非常讲究,比如,由于“黑”对应五行中的“水”,因此整个藏书楼的装潢都以黑色为主;另外,藏书最怕火,所以给藏书楼起名“天一”,取汉郑玄《易经注》“天一生水”之义;阁前还建造了一个活水池,通向外面的海,既便于失火时进行扑救,又有装饰作用。为了应对江南的阴雨天气,天一阁还建立了专门的晒书制度,并在书中放芸草樟木,用前后通风形制的书柜等防霉、防虫,管理十分完善。
为了保护天一阁的藏书,范钦和他的继承者在家族内部制定了一个严格的处罚规则:子孙无故开门入阁者,罚不与祭三次;私领亲友入阁及擅开书橱者,罚不与祭一年;擅将藏书借出外房及他姓者,罚不与祭三年;因而典押事故者,除追惩外,永行摈逐,不得与祭。范氏家族还规定,不管家族繁衍到何等程度,开阁门必得各房一致同意。阁门的钥匙和书橱的钥匙由各房分别掌管,组成一环也不可缺少的连环,如果有一房不到是无法接触到任何藏书的。在这种严格的管理制度下,很难有读者踏入天一阁阅读,天一阁在建造后的近150年间也几乎处于全封闭状态。